Usługa sekwencjonowania nowej generacji Illumina – Gdańsk
Pełna nazwa postępowania: GUM2026ZP0073 GUM2026ZP0073 Usługa sukcesywnego sekwencjonowania próbek metodą sekwencjonowania nowej generacji, (ang. NGS, Next Generation Sequencing) na platformie Illumina
Gdański Uniwersytet Medyczny·NIP 5840955985·Gdańsk
Wartość szac.
—
nie podano
Termin składania
30.06.2026
postępowanie zakończone
Otwarcie ofert
—
nie podano
Opublikowano
—
źródło: PLATFORMAZAKUPOWA
Streszczenie SWZ
Streszczenie AI · Janusz
Widzisz połowę każdej z 9 sekcjiDruga połowa — łącznie 9 zdań z warunkami, dokumentami i analizą ryzyka — odsłania się po założeniu darmowego konta.
Formularz oferty: formularz cenowy (załącznik nr 1 do umowy). - Umowa powierzenia przetwarzania danych osobowych — załącznik nr 3 do umowy.
12
Sygnały ostrzegawcze
Pełna treść
Platforma/chemia: sekwencjonowanie wyłącznie na platformie Illumina oryginalnymi produktami Illumina TruSeq DNA — bez opcji „lub równoważny
Druga połowa streszczenia za darmo
Odsłoń całe streszczenie SWZ
Z każdej z 9 sekcji pokazujemy połowę. Załóż darmowe konto, żeby odsłonić pozostałe 9 zdań — pełne warunki udziału, dokumenty i analizę ryzyka Janusza. Bez karty, 14 dni za darmo.
Wyniki: FASTQ + VCF + BAM + raporty QC na dyskach zewnętrznych z md5 + identyfikacja sekwenatora — 2 zestawy (po transzy).
Transport: materiał biologiczny z dry ice + dyski zewnętrzne kosztem Wykonawcy, Gdański Uniwersytet Medyczny.
Dane: przetwarzanie wyłącznie w EEA, lista podwykonawców/zlokalizacji infrastruktury, audyt po żądaniu Zamawiającego.
Zniszczenie: materiał genetyczny w 2 mies., dane w 6 mies. po przekazaniu wyników + protokoły.
Wsparcie: wsparcie techniczne 12 mies. po przekazaniu wyników, raport eksperymentalny (metoda, sekwenator, statystyka QC).
Pytania i odpowiedzi
Wyjaśnienia treści SWZ udzielone przez zamawiającego. Odpowiedzi wiążą wszystkich wykonawców — także tych, którzy nie zadali pytania.
Czy wymóg 120 Gbp/próbkę dotyczy danych surowych, czy mapowalnych? Prosimy również o doprecyzowanie, jak ten wymóg należy rozumieć względem zapisu o pokryciu mapowalnym ≥30×. Pomoże nam to prawidłowo dobrać konfigurację sekwencjonowania.
Zamawiający wskazuje, że wymaganie 120 Gbp/próbkę odnosi się do danych surowych (FASTQ), natomiast wskazane pokrycie mapowalne ≥30× dotyczy średniego pokrycia po wyrównaniu do referencji.
Termin płatności (§ 4, ust. 6 i ust.10) jest wskazany na 30 dni. U Wykonawcy zwyczajowo stosujemy termin 14 dni. Prosimy o zmianę.
Zamawiający nie wyraża zgody na zmianę.
Prosimy o potwierdzenie, że prof. dr. hab. Jacka Bigdę – p.o. Kanclerza jest uprawniony do
reprezentacji Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Nie wynika to ze statutu uczelni, a do projektu
umowy nie zostało dołączone pełnomocnictwo. W przypadku zawarcia umowy, powinniśmy poprosić
o dołączenie pełnomocnictwa lub chociaż udostępnienie informacji o takim pełnomocnictwie.
Zamawiający dołączy pełnomocnictwo do umowy na etapie jej podpisywania, jeżeli Wykonawca będzie
tego wymagał.
Szanowni Państwo,
działając jako podmiot zainteresowany ubieganiem się o udzielenie powyższego zamówienia
(potencjalny Wykonawca), na podstawie sekcji VIII pkt 2 Ogłoszenia, zwracamy się z uprzejmą prośbą
o wyjaśnienie i rozważenie zmiany treści Ogłoszenia oraz Opisu Przedmiotu Zamówienia w zakresie
wymogu wykonania sekwencjonowania wyłącznie na platformie Illumina, metodą sekwencjonowania
przez syntezę (SBS), z użyciem oryginalnych produktów Illumina TruSeq DNA (Opis Przedmiotu
Zamówienia, sekcja 1 ppkt h oraz zdanie wprowadzające).
(...)
4. Treść wnioskowanych zmian
W związku z powyższym, w celu uzyskania najwyższej jakości naukowej oraz poszerzenia kręgu
Wykonawców zdolnych do realizacji zamówienia, uprzejmie wnosimy o rozważenie następujących
zmian, które nie obniżają, lecz utrzymują (a w praktyce podnoszą) wymagany poziom jakości:
1) Zastąpienie w Opisie Przedmiotu Zamówienia (sekcja 1 ppkt h oraz zdanie wprowadzające) wymogu
„na platformie Illumina, metodą SBS, oryginalnymi produktami Illumina TruSeq DNA” sformułowaniem
dopuszczającym rozwiązania równoważne, np. „na platformie Illumina lub równoważnej”, pod
warunkiem spełnienia wszystkich progów akceptacji oraz wytworzenia danych zgodnych z wymaganą
strukturą odczytów i formatem.
2) Analogiczne dostosowanie tytułu Ogłoszenia oraz tożsamych zapisów w projekcie umowy (Załącznik
nr 4, § 1) i w umowie powierzenia przetwarzania danych (§ 1).
3) Dopuszczenie równoważnych zestawów do przygotowania bibliotek, zapewniających biblioteki
zgodne z wymaganą strukturą odczytów (2×150 bp, UDI 8+8 lub 10+10), przy zachowaniu wskazanego
w OPZ potoku analitycznego (GRCh38, DeepVariant i DeepTrio, ClinSV, ENSEMBL VEP).
4) Dla zabezpieczenia jakości proponujemy, aby na potwierdzenie równoważności Zamawiający był
uprawniony żądać od Wykonawcy walidacji na materiale referencyjnym (np. GIAB/NA12878),
wykazującej osiągnięcie progów zgodności SNP ≥ 99,7% i indeli ≥ 99,0% przy dopasowanym pokryciu i
wskazanym potoku analitycznym.
Po analizie przedstawionego wniosku Zamawiający nie wyraża zgody na proponowaną zmianę Opisu Przedmiotu Zamówienia i podtrzymuje wymóg wykonania usługi z wykorzystaniem wskazanych technologii. Wymóg ten wynika z konieczności zachowania spójności metodologicznej i porównywalności danych z wynikami uzyskanymi wcześniej w ramach projektu, w którym Zamawiający przeanalizował już znaczące liczby próbek. Zamawiający ma na celu ograniczenie ryzyka naukowego związanego z integracją danych z różnych platform oraz konieczność tworzenia nowych algorytmów obliczeniowych, filtrów i modeli dla nowego rodzaju danych. Wymagana technologia stanowi element przyjętej metodologii badawczej, zapewniającej jednorodność procesu wytwarzania danych i eliminującej ryzyko efektów platformowych wpływających na wyniki analiz. W związku z powyższym Zamawiający pozostawia treść Ogłoszenia, OPZ oraz pozostałych dokumentów bez zmian.
Jakie są minimalne wymagania dla materiału wejściowego gDNA: ilość, stężenie, A260/280, A260/230, DIN? Te parametry są dla nas istotne przy doborze odpowiedniego wariantu przygotowania bibliotek.
Minimalne wymagania dla materiału wejściowego gDNA to: ilość gDNA co najmniej 1 ug w co najmniej 20 μl z A260/A280 ≥1.7, A260/230 ≥1.8 oraz DIN co najmniej 7.0.
Podstawa wystawienia faktury: warto wskazać dokładnie sposób rozliczania pracy. Jeśli planujemy 2
partie próbek do badania, to: "Faktura będzie wystawiona po odbiorze wyników każdej z nich, na
podstawie protokołu odbioru, w którym znajdzie się informacja o ilości próbek oraz wycenie pracy za
daną partię oraz o kwocie do wykorzystania na dalsze badania". Wówczas nie będzie miał zastosowania
zapis z (§ 4, ust 11), w którym jest mowa o "przedwczesnym wystawieniu faktury". Proces fakturowania
wymaga ustalenia momentu powstania przychodu, a co za tym idzie wystawienia faktury. Momentem
tym będzie data podpisania protokołu odbioru.
Sposób rozliczenia pracy jest wskazany w § 4 ust. 4 projektu umowy. Zapis o „przedwczesnym
wystawieniu faktury” wskazany w § 4 ust. 11 projektu umowy jest standardowym zapisem w umowach
GUMed. Jeżeli nie zostaną spełnione przesłanki tam wskazane to nie zostanie on zastosowany.
Zamawiający nie wymaga sporządzenia protokołu odbioru.
Czy przez zapis „TruSeq DNA” Zamawiający rozumie konkretnie TruSeq DNA PCR-Free, czy dopuszcza Illumina DNA PCR-Free Prep jako rozwiązanie równoważne, nowszej generacji? Producent wskazuje na porównywalną jakość przy zachowaniu metodyki PCR-free.
Przez „TruSeq DNA” Zamawiający dopuszcza również równoważne rozwiązania PCR-free (np. nowsze zestawy Illumina).
Prosimy o potwierdzenie numeru postępowania/umowy — w dokumentacji pojawia się drobna rozbieżność: OPZ wskazuje GUM2026ZP0073, natomiast §7 umowy powierzenia przetwarzania danych wskazuje GUM2026UP0452.
Numer zapytania to GUM2026ZP0073, umowa będzie miała odrębny numer nadany w Centralnym Rejestrze Umów Zamawiającego (obecnie wzór umowy procedowany był pod numerem GUM2026UP0452).
Dotyczy progu jakości Q30: w OPZ wskazano poziom ≥90% zasad Q30. Formalna specyfikacja producenta dla platformy Illumina przy odczytach 2×150 bp wynosi ≥85% zasad ≥Q30 (przy czym w praktyce, z chemią XLEAP-SBS, wartości te rutynowo przekraczają 90%). Prosimy o doprecyzowanie: czy próg ≥90% Q30 jest twardym kryterium akceptacji, czy odnosi się do danych całego runu (kontrola PhiX) czy do danych konkretnej próbki, oraz czy liczony jest na danych surowych, czy po przycięciu/filtrowaniu jakościowym? Pomoże nam to właściwie zaplanować parametry sekwencjonowania.
Próg ≥90% zasad o jakości Q30 stanowi wymaganie jakościowe dla danych dostarczonych dla każdej próbki i jest oceniany na danych surowych (FASTQ), przed przycięciem i filtrowaniem jakościowym. Zamawiający oczekuje spełnienia tego parametru dla wyników przekazywanych w ramach realizacji zamówienia.
Dotyczy zakresu analizy:
Zwracamy się z prośbą do Zamawiającego czy dopuszcza zastosowanie — zestawu opartego na technologii sekwencjonowania proksymalnego (proximity ligation), uzupełniającego standardowy shortread WGS?
Technologia ta, względem klasycznego WGS, wnosi: – fazowanie haplotypów na skalę całego chromosomu (linkage wewnątrzchromosomowy powyżej 10 Mb), co pozwala rozstrzygać układ cis/trans wariantów (compound heterozygosity) oraz wspiera analizę de novo i rodzinną; – pełniejszą detekcję wariantów strukturalnych i breakpointów dużych rearanżacji, w tym przypisanie złożonych rearanżacji do konkretnych chromosomów (np. translokacji zbalansowanych, trudnych do uchwycenia samym shortread); – dodatkową warstwę informacji o przestrzennej strukturze genomu i powiązaniach dalekozasięgowych fragmentów DNA. Rozwiązanie to ma charakter komplementarny wobec wymaganego sekwencjonowania i nie zastępuje standardowej ścieżki detekcji SNV/indel.
Zamawiający dopuszcza wyłącznie technologię short-read WGS zgodną z wymaganiami OPZ, zapewniającą uzyskanie danych referencyjnej jakości (≥30× pokrycia mapowalnego) dla analizy wariantów germinalnych. Technologie oparte na proximity ligation lub inne metody uzupełniające (np. Hi-C lub podobne) mogą być stosowane wyłącznie pomocniczo, o ile nie wpływają na podstawowy zakres danych WGS ani nie zastępują sekwencjonowania short-read. Wszelkie rozwiązania alternatywne muszą gwarantować pełną porównywalność danych do standardowego WGS oraz spełnienie wszystkich parametrów jakościowych OPZ.
