Analiza bioinformatyczna danych NGS i proteomiki – Kraków

Kto wygrał, za ile i ilu było chętnych.

• Usługa 1 (analiza transkryptomiczna - NGS): kompleksowa bioinformatyczna analiza danych NGS dostarczonych jako pliki FASTQ (po demultipleksowaniu) dla organizmu Felis catus – przetworzenie surowych odczytów, mapowanie do najnowszego genomu/annotacji, normalizacja, wyodrębnienie transkryptów kodujących, niekodujących i pseudogenów, policzenie odczytów przypadających na geny, analiza różnicowej ekspresji w zdefiniowanych porównaniach (DEGs), przypisanie adnotacji genów, analizy funkcjonalne GO/KEGG i GSEA; próbki: 9–18.
• Usługa 2 (analiza proteomiczna): analiza otrzymanej macierzy intensywności białek dla organizmu Felis catus (UniProt Reference Proteome lub równoważne) obejmująca filtrację danych, testowanie wartości odstających, PCA, grupowanie, statystykę, identyfikację różnicowo eksprymowanych białek oraz interpretację funkcjonalną; próbki: 9–18.
• Usługa 3 (konsultacje i przygotowanie danych): przygotowanie surowych danych do analiz oraz dwie sesje konsultacyjne z Zamawiającym w trybie zdalnym (łącznie 2 godziny: 1 godz. przed planem analiz i 1 godz. podczas bieżącej oceny wyników).
• Usługa 4 (raporty i metodologia): dostarczenie pełnego raportu z wynikami obu analiz zawierającego: opis zastosowanych analiz i uzasadnienie doboru testów statystycznych, graficzne przedstawienie wyników przydatne do publikacji, szczegółowy opis metodyki oraz przekazanie danych wyjściowych użytych w analizach (mapowania, liczniki/gen, tabele DEGs, wyniki GO/KEGG/GSEA itp.).
• Wymagania ogólne: realizacja prac zgodnie z najwyższymi standardami środowiskowymi; miejsce realizacji: wskazane przez Wykonawcę; termin wykonania: raport do 14 dni kalendarzowych od przekazania danych (nie później niż 31.07.2028).

Analizy obejmują standardowe, ale wieloetapowe procedury bioinformatyczne dla transkryptomu i proteomu oraz koordynację wyników i konsultacje; wymagają doświadczenia i pracy z różnymi formatami danych oraz referencyjnymi zasobami dla Felis catus.

Wagi punktowe, według których zamawiający oceni oferty.

Sygnały, na które warto zwrócić uwagę przed startem.

Wyodrębnione z wyjaśnień treści SWZ.

Zamawiający nie opublikował pytań ani odpowiedzi