Rozstrzygnięty
GUM2026ZP0073 Usługa sukcesywnego sekwencjonowania próbek metodą sekwencjonowania nowej
Gdański Uniwersytet Medyczny10 aktualnych · 159 w archiwum·NIP 5840955985·pomorskie
Rozstrzygnięcie
Kto wygrał, za ile i ilu było chętnych.
NIP zwycięzcy5250009269
Złożonych ofert3
Przedmiot zamówienia
AIUsługa sukcesywnego sekwencjonowania próbek metodą NGS na platformie Illumina, obejmująca maksymalnie 100 próbek ludzkiego DNA (WGS, pokrycie 30x, dane min. 120 Gbp/próbkę). Wykonawca zapewnia transport materiału i wyników, analizę bioinformatyczną oraz bezpieczeństwo danych wg RODO (przetwarzanie tylko na terenie EOG lub państw uznanych przez KE). Wymagane: raporty QC, formaty FASTQ/VCF/BAM, niszczenie materiału i danych po 2 miesiącach od przekazania wyników. Termin realizacji: 12 miesięcy.
Trudność: wysoka
Złożoność techniczna (sekwencjonowanie genomowe, analiza bioinformatyczna), rygorystyczne wymogi bezpieczeństwa danych medycznych oraz konieczność koordynacji logistyki i zgodności prawnej.
Warunki udziału
AI1Doświadczenie — Wykonawca musi wykazać się realizacją co najmniej 1 usługi sekwencjonowania NGS o wartości min. 500 000 PLN brutto w ciągu ostatnich 3 lat.
2Kadra — Wykonawca musi dysponować co najmniej 2 osobami z certyfikatem Illumina NGS Technical Specialist.
Pozostałe 3 warunki po założeniu darmowego konta.
Kryteria wyboru oferty
AIWagi punktowe, według których zamawiający oceni oferty.
Cena brutto
100%
Czerwone flagi
AISygnały, na które warto zwrócić uwagę przed startem.
Brak istotnych sygnałów ostrzegawczych.
Kary i sankcje
AI- Kary umowne: szczegóły w projekcie umowy (załącznik nr 4)
Pytania i odpowiedzi
15Wyodrębnione z wyjaśnień treści SWZ.
1Termin płatności (§ 4, ust. 6 i ust.10) jest wskazany na 30 dni. U Wykonawcy zwyczajowo stosujemy termin 14 dni. Prosimy o zmianę.
Zamawiający nie wyraża zgody na zmianę.
1Czy wymóg 120 Gbp/próbkę dotyczy danych surowych, czy mapowalnych? Prosimy również o doprecyzowanie, jak ten wymóg należy rozumieć względem zapisu o pokryciu mapowalnym ≥30×. Pomoże nam to prawidłowo dobrać konfigurację sekwencjonowania.
Zamawiający wskazuje, że wymaganie 120 Gbp/próbkę odnosi się do danych surowych (FASTQ), natomiast wskazane pokrycie mapowalne ≥30× dotyczy średniego pokrycia po wyrównaniu do referencji.
1Czy wymóg 120 Gbp/próbkę dotyczy danych surowych, czy mapowalnych? Prosimy również o doprecyzowanie, jak ten wymóg należy rozumieć względem zapisu o pokryciu mapowalnym ≥30×. Pomoże nam to prawidłowo dobrać konfigurację sekwencjonowania.
Zamawiający wskazuje, że wymaganie 120 Gbp/próbkę odnosi się do danych surowych (FASTQ), natomiast wskazane pokrycie mapowalne ≥30× dotyczy średniego pokrycia po wyrównaniu do referencji.
1Prosimy o potwierdzenie, że prof. dr. hab. Jacka Bigdę – p.o. Kanclerza jest uprawniony do
reprezentacji Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Nie wynika to ze statutu uczelni, a do projektu
umowy nie zostało dołączone pełnomocnictwo. W przypadku zawarcia umowy, powinniśmy poprosić
o dołączenie pełnomocnictwa lub chociaż udostępnienie informacji o takim pełnomocnictwie.
Zamawiający dołączy pełnomocnictwo do umowy na etapie jej podpisywania, jeżeli Wykonawca będzie
tego wymagał.
1Szanowni Państwo,
dzia³aj±c jako podmiot zainteresowany ubieganiem siê o udzielenie powy¿szego zamówienia
(potencjalny Wykonawca), na podstawie sekcji VIII pkt 2 Og³oszenia, zwracamy siê z uprzejm± pro¶b±
o wyja¶nienie i rozważenie zmiany tre¶ci Og³oszenia oraz Opisu Przedmiotu Zamówienia w zakresie
wymogu wykonania sekwencjonowania wy³±cznie na platformie Illumina, metod± sekwencjonowania
przez syntezê (SBS), z u¿yciem oryginalnych produktów Illumina TruSeq DNA (Opis Przedmiotu
Zamówienia, sekcja 1 ppkt h oraz zdanie wprowadzaj±ce).
Mamy ¶wiadomo¶æ, ¿e postêpowanie prowadzone jest w trybie art. 70 Kodeksu cywilnego w zwi±zku
z art. 11 ust. 5 pkt 1 ustawy Prawo zamówieñ publicznych, co pozostawia Zamawiaj±cemu szerok±
swobodê w kszta³towaniu warunków. Tym bardziej, w duchu wspó³pracy oraz d±¿enia do najwy¿szej
jako¶ci naukowej projektu i efektywnego wydatkowania ¶rodków publicznych, uprzejmie prosimy o
rozwa¿enie poni¿szych punktów.
1. Cel porównywalno¶ci jest osi±gany przez potok analityczny, a nie przez markê sekwenatora
Zamawiaj±cy uzasadnia wymóg potrzeb± zachowania ci±g³o¶ci metodyki oraz porównywalno¶ci
wyników z wcze¶niejszymi analizami. Pragniemy zwróciæ uwagê, ¿e w ¶wietle wskazanej przez samego
Zamawiaj±cego pracy referencyjnej (Supernat i wsp. 2018) porównywalno¶æ wyników
sekwencjonowania ca³ogenomowego jest determinowana przez potok analityczny i genom
referencyjny, a nie przez chemiê sekwencjonowania. Praca ta porównuje narzêdzia wywo³ywania
wariantów (DeepVariant, GATK, SpeedSeq) na próbce referencyjnej NA12878 i wykazuje, ¿e przy
pokryciu 30× wszystkie osi±gaj± zbli¿ony wspó³czynnik F dla wariantów SNV na poziomie 0,98. Opis
Przedmiotu Zamówienia ju¿ dzi¶ jednoznacznie definiuje ten potok (mapowanie do GRCh38,
DeepVariant i DeepTrio, ClinSV, adnotacja ENSEMBL VEP). Ci±g³o¶æ metodyki i porównywalno¶æ
pozostaj± zatem w pe³ni zachowane niezale¿nie od platformy sekwencjonowania, o ile spe³nione s±
okre¶lone w OPZ progi jako¶ci oraz zastosowany jest ten sam potok. Co istotne dla wymaganej
ci±g³o¶ci, porównywalno¶æ z wcze¶niejszymi danymi zapewnia stosowanie tego samego genomu
referencyjnego, tego samego potoku i tych samych progów akceptacji, a bezpo¶rednie porównanie
obu chemii na tych samych próbkach referencyjnych (Carroll i wsp. 2025) nie wykazuje istotnego
efektu platformowego.
2. Platformy równowa¿ne daj± jako¶æ co najmniej równ±, a w kluczowych parametrach wy¿sz±
Dostêpne dzi¶ równowa¿ne platformy sekwencjonowania krótkich odczytów oparte na chemii
awidno¶ciowej (avidity sequencing) pozwalaj± osi±gn±æ jako¶æ danych co najmniej równ±, a w
istotnych parametrach przewy¿szaj±c± warto¶ci uzyskiwane metod± SBS, przy pe³nej zgodno¶ci ze
struktur± odczytów wymagan± w OPZ. Wskazujemy konkretne, recenzowane dane:
1. Dok³adno¶æ zasad: oko³o 96% danych o jako¶ci co najmniej Q30 oraz oko³o 85% o jako¶ci co
najmniej Q40 (maksymalnie ok. Q44, czyli ok. jednego b³êdu na 25 000 zasad) na genomie cz³owieka.
Z nawi±zk± spe³nia to próg „90%…
Po analizie przedstawionego wniosku Zamawiaj±cy nie wyra¿a zgody na proponowan± zmianê Opisu
Przedmiotu Zamówienia i podtrzymuje wymóg wykonania us³ugi z wykorzystaniem wskazanych
technologii. Wymóg ten wynika z konieczno¶ci zachowania spójno¶ci metodologicznej i
porównywalno¶ci danych z wynikami uzyskanymi wcze¶niej w ramach projektu, w którym Zamawiaj±cy
przeanalizowa³ ju¿ znacz±ce liczby próbek. Zamawiaj±cy ma na celu ograniczenie ryzyka naukowego
zwi±zanego z integracj± danych z ró¿nych platform oraz konieczno¶æ tworzenia nowych algorytmów
obliczeniowych, filtrów i modeli dla nowego rodzaju danych. Wymagana technologia stanowi element
przyjêtej metodologii badawczej, zapewniaj±cej jednorodno¶æ procesu wytwarzania danych i
eliminuj±cej ryzyko efektów platformowych wp³ywaj±cych na wyniki analiz. W zwi±zku z powy¿szym
Zamawiaj±cy pozostawia tre¶æ Og³oszenia, OPZ oraz pozosta³ych dokumentów bez zmian.
2Jakie są minimalne wymagania dla materiału wejściowego gDNA: ilość, stężenie, A260/280, A260/230, DIN? Te parametry są dla nas istotne przy doborze odpowiedniego wariantu przygotowania bibliotek.
Minimalne wymagania dla materiału wejściowego gDNA to: ilość gDNA co najmniej 1 ug w co najmniej 20 μl z A260/A280 ≥1.7, A260/230 ≥1.8 oraz DIN co najmniej 7.0.
2Podstawa wystawienia faktury: warto wskazać dokładnie sposób rozliczania pracy. Jeśli planujemy 2
partie próbek do badania, to: "Faktura będzie wystawiona po odbiorze wyników każdej z nich, na
podstawie protokołu odbioru, w którym znajdzie się informacja o ilości próbek oraz wycenie pracy za
daną partię oraz o kwocie do wykorzystania na dalsze badania". Wówczas nie będzie miał zastosowania
zapis z (§ 4, ust 11), w którym jest mowa o "przedwczesnym wystawieniu faktury". Proces fakturowania
wymaga ustalenia momentu powstania przychodu, a co za tym idzie wystawienia faktury. Momentem
tym będzie data podpisania protokołu odbioru.
Sposób rozliczenia pracy jest wskazany w § 4 ust. 4 projektu umowy. Zapis o „przedwczesnym
wystawieniu faktury” wskazany w § 4 ust. 11 projektu umowy jest standardowym zapisem w umowach
GUMed. Jeżeli nie zostaną spełnione przesłanki tam wskazane to nie zostanie on zastosowany.
Zamawiający nie wymaga sporządzenia protokołu odbioru.
2Jakie są minimalne wymagania dla materiału wejściowego gDNA: ilość, stężenie, A260/280, A260/230, DIN? Te parametry są dla nas istotne przy doborze odpowiedniego wariantu przygotowania bibliotek.
Minimalne wymagania dla gDNA to: ilość ≥200 ng, stężenie ≥20 ng/μl, A260/280 w zakresie 1.8–2.0, A260/230 ≥1.8 oraz DIN ≥7 lub DNA o porównywalnie wysokiej integralności.
3Czy przez zapis „TruSeq DNA” Zamawiający rozumie konkretnie TruSeq DNA PCR-Free, czy dopuszcza Illumina DNA PCR-Free Prep jako rozwiązanie równoważne, nowszej generacji? Producent wskazuje na porównywalną jakość przy zachowaniu metodyki PCR-free.
Przez „TruSeq DNA” Zamawiający dopuszcza również równoważne rozwiązania PCR-free (np. nowsze zestawy Illumina).
3Czy przez zapis „TruSeq DNA” Zamawiający rozumie konkretnie TruSeq DNA PCR-Free, czy dopuszcza Illumina DNA PCR-Free Prep jako rozwiązanie równoważne, nowszej generacji? Producent wskazuje na porównywalną jakość przy zachowaniu metodyki PCR-free.
Przez „TruSeq DNA” Zamawiający dopuszcza również równoważne rozwiązania PCR-free (np. nowsze zestawy Illumina).
4Prosimy o potwierdzenie numeru postępowania/umowy — w dokumentacji pojawia się drobna rozbieżność: OPZ wskazuje GUM2026ZP0073, natomiast §7 umowy powierzenia przetwarzania danych wskazuje GUM2026UP0452.
Numer zapytania to GUM2026ZP0073, umowa będzie miała odrębny numer nadany w Centralnym Rejestrze Umów Zamawiającego (obecnie wzór umowy procedowany był pod numerem GUM2026UP0452).
4Prosimy o potwierdzenie numeru postępowania/umowy — w dokumentacji pojawia się drobna rozbieżność: OPZ wskazuje GUM2026ZP0073, natomiast §7 umowy powierzenia przetwarzania danych wskazuje GUM2026UP0452.
Numer zapytania to GUM2026ZP0073, umowa będzie miała odrębny numer nadany w Centralnym Rejestrze Umów Zamawiającego (obecnie wzór umowy procedowany był pod numerem GUM2026UP0452).
5Dotyczy progu jakości Q30: w OPZ wskazano poziom ≥90% zasad Q30. Formalna specyfikacja producenta dla platformy Illumina przy odczytach 2×150 bp wynosi ≥85% zasad ≥Q30 (przy czym w praktyce, z chemią XLEAP-SBS, wartości te rutynowo przekraczają 90%). Prosimy o doprecyzowanie: czy próg ≥90% Q30 jest twardym kryterium akceptacji, czy odnosi się do danych całego runu (kontrola PhiX) czy do danych konkretnej próbki, oraz czy liczony jest na danych surowych, czy po przycięciu/filtrowaniu jakościowym? Pomoże nam to właściwie zaplanować parametry sekwencjonowania. (oraz pytanie 6: Dotyczy zakresu analizy: Zwracamy się z prośbą d Zamawiającego czy dopuszcza zastosowanie — zestawu opartego na technologii sekwencjonowania proksymalnego (proximity ligation), uzupełniającego standardowy shortread WGS? [..])
Zamawiający dopuszcza wyłącznie technologię short-read WGS zgodną z wymaganiami OPZ, zapewniającą uzyskanie danych referencyjnej jakości (≥30× pokrycia mapowalnego) dla analizy wariantów germinalnych. Technologie oparte na proximity ligation lub inne metody uzupełniające (np. Hi-C lub podobne) mogą być stosowane wyłącznie pomocniczo, o ile nie wpływają na podstawowy zakres danych WGS ani nie zastępują sekwencjonowania short-read. Wszelkie rozwiązania alternatywne muszą gwarantować pełną porównywalność danych do standardowego WGS oraz spełnienie wszystkich parametrów jakościowych OPZ.
5Dotyczy progu jakości Q30: w OPZ wskazano poziom ≥90% zasad Q30. Formalna specyfikacja producenta dla platformy Illumina przy odczytach 2×150 bp wynosi ≥85% zasad ≥Q30 (przy czym w praktyce, z chemią XLEAP-SBS, wartości te rutynowo przekraczają 90%). Prosimy o doprecyzowanie: czy próg ≥90% Q30 jest twardym kryterium akceptacji, czy odnosi się do danych całego runu (kontrola PhiX) czy do danych konkretnej próbki, oraz czy liczony jest na danych surowych, czy po przycięciu/filtrowaniu jakościowym? Pomoże nam to właściwie zaplanować parametry sekwencjonowania.
Próg ≥90% zasad o jakości Q30 stanowi wymaganie jakościowe dla danych dostarczonych dla każdej próbki i jest oceniany na danych surowych (FASTQ), przed przycięciem i filtrowaniem jakościowym. Zamawiający oczekuje spełnienia tego parametru dla wyników przekazywanych w ramach realizacji zamówienia.
Historia zmian
18.06.2026 — publikacja ogłoszenia
27.06.2026 — wyjaśnienia treści SWZ (3 dokumenty z wyjaśnieniami)
28.06.2026 — wyjaśnienia treści SWZ (2 dokumenty z wyjaśnieniami)
30.06.2026 — upływ terminu składania ofert
17.07.2026 — ogłoszenie o wyniku postępowania