Sukcesywna usługa analizy 48 próbek kału ptaków z gatunku łyska zwyczajna Fulica atra

Przedmiotem zamówienia jest usługa 3-etapowej analizy metagenomicznej 48 próbek kału ptaków z gatunku łyska zwyczajna (Fulica atra). Zamówienie obejmuje:

• Etap I – Izolacja DNA i analizy wstępne: izolacja metagenomowego DNA z 48 próbek, ocena ilości/jakości DNA oraz analiza qPCR 12 genów oporności na antybiotyki i 2 genów referencyjnych, zakończona raportem.
• Etap II – Sekwencjonowanie metagenomowe (shotgun, Illumina): wykonanie sekwencjonowania dla 48 próbek (min. 5 Gbp na próbkę, odczyty parowane 2×150 bp) oraz przekazanie danych surowych (POD5) i po kontroli jakości (FASTQ).
• Etap III – Analiza bioinformatyczna i wizualizacja: dla 48 próbek – identyfikacja taksonomiczna (16S rDNA, rpoB), składanie genomów metagenomowych (MAGs), analiza genów oporności, wirulencji, szlaków metabolicznych (C, N, S, P), klastrów metabolitów wtórnych oraz mobilomu; wyniki w formie tabel, wykresów i raportu końcowego w języku angielskim.

Zamówienie wymaga specjalistycznej wiedzy z zakresu biologii molekularnej i bioinformatyki (sekwencjonowanie Illumina, analizy metagenomiczne, qPCR), jednak zakres jest stosunkowo niewielki (48 próbek), a cel jasno określony – nie jest to projekt na dużą skalę ani wymagający koordynacji wielu zespołów.

Wagi punktowe, według których zamawiający oceni oferty.

Sygnały, na które warto zwrócić uwagę przed startem.

Brak istotnych sygnałów ostrzegawczych.

• Kary umowne za odstąpienie/rozwiązanie umowy z przyczyn leżących po stronie Wykonawcy: 10% wartości brutto umowy (§ 7 projektu umowy)
• Kary umowne za niewykonanie lub nienależyte wykonanie umowy: 5% wartości brutto za każdy przypadek, maksymalnie 25% wartości umowy (§ 7 projektu umowy)
• Kary umowne za zwłokę w realizacji: 0,5% wartości brutto za każdy dzień zwłoki, maksymalnie 25% wartości umowy (§ 7 projektu umowy)

Wyodrębnione z wyjaśnień treści SWZ.

Zamawiający nie opublikował pytań ani odpowiedzi