Usługi sekwencjonowania dla Zakładu Mikrobiologii – Puławy

Zamówienie wieloczęściowe — usługi sekwencjonowania dla Zakładu Mikrobiologii IUNG PIB w Puławach; łącznie ok. 995 próbek (ilości szacunkowe, mogą ulec zmianie); części niepodzielne, dopuszczalne oferty częściowe.

• Część 1 (usługa – sekwencjonowanie Sanger): amplifikacja i sekwencjonowanie Sanger w obu kierunkach genów 16S rRNA i ITS (częściowo z analizą bioinformatyczną) dla łącznie 120 próbek (poz. 1.1–1.4).
• Część 2 (usługa – sekwencjonowanie NGS krótkich odczytów): sekwencjonowanie pełnych genomów bakteryjnych oraz regionów 16S rRNA V3–V4 i ITS1 (częściowo z analizą bioinformatyczną i przypisaniem taksonomicznym) dla łącznie 405 próbek (poz. 2.1–2.5).
• Część 3 (usługa – sekwencjonowanie Sanger): sekwencjonowanie Sanger genów 16S rRNA i ITS — z amplifikacji lub z dostarczonych produktów PCR — dla łącznie 230 próbek (poz. 3.1–3.5).
• Część 4 (usługa – sekwencjonowanie NGS Illumina): sekwencjonowanie pełnych genomów bakteryjnych i grzybowych oraz regionów 16S rRNA V3–V4 i ITS1, w tym usługi z analizą bioinformatyczną (składanie genomów de novo, anotacja, identyfikacja genów odporności na antybiotyki i czynników wirulencji) dla łącznie 225 próbek (poz. 4.1–4.8).
• Część 5 (usługa – sekwencjonowanie NGS długich odczytów Nanopore): izolacja wysokocząsteczkowego DNA genomowego z izolatów bakteryjnych i sekwencjonowanie pełnych genomów bakteryjnych dla 15 próbek (poz. 5.1).

Wyniki przekazywane jako chromatogramy (.ab1), sekwencje (FASTA/FASTQ), raporty kontroli jakości, tabele jednostek taksonomicznych (ASV/OTU) oraz raporty analizy bioinformatycznej; bezpłatny transport próbek od Zamawiającego do Wykonawcy i z powrotem; przekazanie wyników potwierdzone protokołem zdawczo-odbiorczym.

Zamówienie wymaga doświadczenia w trzech technologiach sekwencjonowania (Sanger, Illumina short-read, Nanopore long-read) i obsłużenia ok. 995 próbek w 5 częściach z częścią prac bioinformatycznych, ale poszczególne usługi to standardowe procedury laboratoryjne.

Wagi punktowe, według których zamawiający oceni oferty.

Sygnały, na które warto zwrócić uwagę przed startem.

• Kara umowna + odstąpienie od umowy: niespełnienie wymogu zatrudnienia na umowę o pracę; brak dowodów = niespełnienie — stawka w projekcie umowy (zał. nr 3)
• Usunięcie wad usługi: na koszt Wykonawcy, w terminie wyznaczonym przez Zamawiającego; odbiór ostateczny po usunięciu wad

Wyodrębnione z wyjaśnień treści SWZ.

Zamawiający nie opublikował pytań ani odpowiedzi